CRISPR fa parte di un processo biologico che, sebbene oggetto di studi solo negli ultimi decenni del XX secolo, appare di norma nei batteri: questi, infatti, possono incorporare nella cellula, in altre circostanze, frammenti di DNA estranei al genoma originario e perfino raccattare DNA danneggiato dall'ambiente esterno..
La scoperta e' stata fatta studiando alcuni batteri che hanno elaborato un sistema immunitario contro i virus, uno di quegli studi che tanti giudicherebbero "inutili".